Hola,
Como bien comenta sanmarfe, si cuentas con ese espacio en el disco, posiblemente te suceda que estás intentando copiar el agente a una partición sin espacio.
Una forma sencilla de hacer este tipo de tareas de copia, es con la herramienta para windows "bitvise". Que es un cliente ssh gráfico y te permitirá "arrastrar" archivos/carpetas desde tu equipo local al host remoto (puerto SSH ha de estar abierto en tu host). También existen otros como WinSCP que es una herramienta para windows con una interfaz gráfica que permite realizar operaciones de "scp" (comando de linux para la copia en remoto de archivos).
Asimismo, ESXi no cuenta con una service console como lo hacía ESX. Las gestiones que se solian hacer mediante agentes en los hosts, en este hypervisor se realizan de forma remota. Por ejemplo, instalando agentes específicos de la solución en el vMA (como pueden ser agentes de SAI para el apagado controlado de los hosts y VMs).
Desconozco en profundidad el agente del que hablas pero antes de seguir, me aseguraría que lo que pretendes es posible. Qué dice la guía de instalación del producto al respecto (atención a si habla de ESX o ESXi)
Saludos,
elgreco81